Può essere usata sia a scopo preventivo sia come trattamento per l’Oodinium, nel dolce e nel marino. Può anche essere usata nella disinfezione delle uova, per trattare ferite aperte ed infezioni da protozoi. Può essere considerata un metodo alternativo al verde malachite ed è compatibile con il blu di metilene. La sua azione è più blanda di quella del verde malachite e il suo uso è consigliato in presenza di pesci sensibili a questo medicamento.

La sua dose terapeutica varia tra 5 e 10 mg/L. Le sue soluzioni sono stabili solo se conservate al riparo dalla luce. Durante il trattamento, dovrebbero essere evitate luci forti e UV, che decompongono rapidamente la molecola, rendendola inefficace. Si consiglia l’uso di luce diffusa e di tenere al riparo dalla luce solare.

Per la prevenzione della muffa delle uova, si può usare una dose di 10 mg/L una sola volta. Dopo la schiusa aggiungere carbone attivo o fare cambi d’acqua. E’ anche possibile preparare una soluzione concentrata a 18.5 mg/L, aggiustando il pH a 7.0÷7.2, nel dolce, e 8.0÷8.3 nel marino, con sodio bicarbonato o altra base, aerando bene con una pietra porosa ed immergendo le uova o direttamente con il loro substrato o raccolte in una rete, per 5-10 minuti. Dopo questo unico trattamento, le uova vanno riposte nella vasca da deposizione. La soluzione può essere usata fino a 10 volte, fino ad un periodo massimo di due settimane. Un pH inferiore a 7.0 inibisce l’attività dell’acriflavina; per questo motivo si consiglia di correggere il pH.

Per il trattamento di parassiti, si consiglia di preparare l’acquario cambiando un 25÷50% di acqua, se il trattamento avviene in una vasca allestita, e calcolare l’esatto volume di acqua, escludendo rocce, arredi e ghiaietto dal calcolo. Aggiungere acriflavina in una soluzione al 3.84%, fino ad avere una concentrazione di 5÷10 mg/L. Ripetere il trattamento giornalmente, cambiando il 25÷50% di acqua ed aggiungendo acriflavina per compensare quella eliminata con il cambio d’acqua.

Al termine del trattamento, cambiare il 35÷50% dell’acqua e filtrare su carbone.

Se l’infestazione è grave, si consiglia di accoppiare anche un trattamento con blu di metilene (3 mg/L); questa terapia aiuta i pesci che hanno difficoltà respiratorie in quanto il blu di metilene agisce come trasportatore di ossigeno.