Il verde malachite, che nulla ha che fare con la malachite e, quindi, con il rame, è un colorante molto potente, che si può trovare come sale dell'acido ossalico (ossalato) o cloridrico (cloridrato). E' un colorante talmente forte, da aver la tendenza a colorare tutti gli oggetti presenti nella vasca (compreso il silicone delle saldature) in modo irreversibile.

Deve essere maneggiato con molta cautela in quanto altamente cancerogeno.

Usare sempre una mascherina (tipo quelle antismog vendute in farmacia) quando si manipola la polvere di VM, o guanti di gomma se si usano le sue soluzioni.

Come farmaco è utile sia nel dolce che nel marino per varie patologie: Ichthyo (dolce) e Cryptocaryon (marino), Costia, Oodinium, Chilodonella, Ambiphyra, Epistylis e Trichodina. Può anche essere usato come rimedio contro la muffa delle uova e contro i funghi dei pesci come Achyla e Saprolegnia.

Il dosaggio terapeutico del VM è di 0.05 ppm, anche se dosaggi superiori sono stati provati. In ogni caso si consiglia di non superare le 0.15 ppm. Di norma 0.05 ppm sono un dosaggio sicuro, anche se piccoli pesci come ciclidi nani, barbi, pesci gatto, gurami, ovovivipari, corydoras e botia sono più sensibili. In ogni caso la sua tossicità dipende più da fattori quali le dimensioni e la specie dei pesci che dalla qualità dell'acqua; la sua tossicità verso alcune specie è più accentuata in acqua calda piuttosto che fredda, mentre la sua efficacia non sembra essere influenzata da pH e durezza.

Pur non avendo dati in merito, si consiglia prudenza nell'uso marino in presenza di invertebrati.

Il dosaggio terapeutico può essere alterato dall'adsorbimento del VM da parte di materiali porosi quali rocce, corallo, ghiaietto e, ovviamente, carbone attivo. La soluzione allo 0.038% è stabile per lungo tempo, se conservata al riparo dalla luce. Il suo uso è compatibile con altri medicamenti quali la formalina; se la concentrazione non supera le 0.10 ppm non crea problemi ai batteri del filtro biologico. In vasche ben pulite il VM viene decomposto più lentamente che in acquari già allestiti.

Come preventivo per la muffa delle uova si possono usare due diversi trattamenti; il primo, concentrato per breve periodo, prevede un bagno a 5 ppm con carbone attivo nel filtro, per dar modo di eliminare lentamente il farmaco dall'acqua. Il trattamento dovrebbe essere protratto per un'ora al massimo. Se dopo questo tempo restasse del colore nell'acqua, cambiare metagrave; dell'acqua e sostituire il carbone, per completare la rimozione. Il trattamento va ripetuto ogni giorno fino alla schiusa. Il secondo metodo prevede di preparare una soluzione a 1500 ppm, in un contenitore non metallico, che va poi aerata con pietra porosa per ossigenarla bene. In questa soluzione va poi immerso per non più di 10 secondi il substrato portante le uova, o le uova stesse raccolte in una rete. Subito dopo l'immersione le uova vanno riposizionate nella vasca di deposizione. Questo trattamento non va ripetuto. La soluzione concentrata può essere conservata in un recipiente chiuso per un eventuale uso futuro.

Per il trattamento dei parassiti, usare dosi di 0.05 ppm (0.1 - 0.15 ppm per l'Ichthyo, se compatibile con i pesci presenti), tenendo in considerazione che rocce, arredi e ghiaietto vanno esclusi dal calcolo del volume di acqua da trattare. Ogni giorno sostituire dal 25 al 50% dell'acqua e aggiungere VM per ripristinare quello tolto nel cambio. Al termine del trattamento cambiare metà acqua. Un innalzamento della temperatura è benefico.